مكونات البرنامج يتألف برنامج الرعاية والتأهيل من أربعة مكونات برامجية رئيسة وهي: (البرنامج التعليمي- البرنامج التدريبي والمهني- البرنامج الرياضي والثقافي- البرنامج المفتوح). أولاً: البرنامج التعليمي: يتكون البرنامج التعليمي من مجموعة من البرامج التخصصية وهي على النحو التالي: 1- البرنامج الشرعي: تعزيز بناء المفاهيم الشرعية الصحيحة على منهج الوسطية والاعتدال, وتقويم المفاهيم الخاطئة 2- البرنامج النفسي: دراسة حالة المستفيد وتعليمه مهارات بناء الذات والتخلص من المخاوف وضبط الانفعال وخطوات التفكير الايجابي. مركز الامير محمد بن نايف العربية للعلوم الامنية. 3- البرنامج الاجتماعي: تعليم المستفيد المهارات الاجتماعية التي تساعده على تجاوز ما قد يواجهه من مصاعب بعد الخروج وتسهم في تكيفه واندماجه في المجتمع وتوفير الدعم الاجتماعي له و لأسرته. 4- برنامج الإرشاد بالفن التشكيلي: هو برنامج معرفي, يدمج بين نظريات التأهيل النفسي والعمليات التشكيلية وتقنياتها المتنوعة للاستبصار بالذات والدوافع والحاجات النفسية, والبنى المعرفية وأثرها على سلوكياته. 5- البرنامج التاريخي: توعية المستفيدين بالتاريخ الإنساني عبر مختلف العصور, مع محاولة ربط الأحداث التاريخية بالأحداث الجارية.
واعتبر قنصل مصر العام بالمملكة السفير حسام عيسى أن «المركز مفخرة لكل عربي ونموذج عربي ناجح للعمل الجاد الخلاق الذي يهدف إلى التأثير الإيجابي في المجتمع، ويعد مؤسسة علمية واجتماعية مبنية على العلم والجهد، قدر لها أن تحقق هذا النجاح الرائع في أداء واجبها»، وقال عنه مستشار الأمن الوطني العراقي فالح الفياض «سررت بهذا الجهد الرائع والمشروع الرائد»، ويرى وزير العدل حافظ الأختام الجزائري الدكتور محمد شرتي أن المركز يؤدي الدور المناط به في معالجة ظاهرة الإرهاب. تأهيل المنحرفين فكرياً: أما وزير الأمن الكندي فيك لويس فقد ثمن العمل الإبداعي للمركز في تقديم العلاج الديني والنفسي والاجتماعي والفني للمغرر بهم، وهكذا توالت الإشادات بهذا المركز وأقر مجلس حقوق الإنسان التابع لهيئة الأمم المتحدة ضمن وثائقه في دورته (الحادية والثلاثين من عام 2016 البند التاسع) الدور الريادي الذي يقوم به المركز في مجال مكافحة الأيديولوجيات والأنشطة الإرهابية بل وحث كافة الدول على اعتماد إستراتيجيات إعادة تأهيل ودمج المنحرفين فكرياً من خلال إنشاء مراكز وطنية مماثلة.
ثانياً: البرنامج التدريبي والمهني: يهدف هذا البرنامج إلى إكساب المستفيد المؤهلات العلمية والمهنية التي تساعده في الحصول على عمل أو تعزيز مؤهلاته الوظيفية بعد التخرج من المركز. ثالثاً: البرنامج الرياضي والثقافي: يتم من خلال هذا البرنامج الإسهام في المحافظة على صحة المستفيد وشغل أوقات الفراغ لديه بما هو نافع ومفيد. رابعاً: برنامج تجربتي: يتم من خلال هذا البرنامج إقامة محاضرات وندوات لعدد من الشخصيات المرموقة في المجتمع للالتقاء بالمستفيدين. مركز محمد بن نايف للمناصحة والرعاية - YouTube. خامساً: البرنامج المفتوح: في هذا البرنامج يتم الإسهام في تعزيز نجاح كافة البرامج التي يقدمها المركز وتحقيقها لأهدافها من خلال الاستفادة من تجارب المستفيدين السابقين وأيضا الشخصيات الاجتماعية المعروفة 1- علاجية 2- إنمائية 3- وقائية
المواجهة الفكرية للتطرف. صيانة الأمن الوطني. التكامل المجتمعي. التعاون مع المنظمات الحكومية وغير الحكومية. التواكب مع المتغيرات. عودة المستفيدين للحياة الطبيعية. تعزيز المواجهة الدولية لظاهرة الإرهاب.
وبناءاً على ذلك ونتيجة للطلب المتزايد من مختلف الدول والحكومات والمنظمات والجهات الدولية فإن المركز يعمل بكل مهنية على نقل خبراته وتجربته الرائدة في مجال معالجة القضايا الفكرية للفئات التي تورطت في براثن الفكر المتطرف عبر عدة طرق منها: حضوره ومشاركته في مختلف المؤتمرات والندوات المحلية والإقليمية والدولية المعنية بقضايا الفكر المتطرف والتي تعقد عبر الجهات والمنظمات الدولية. تعاونه مع المنظمات المختصة في مجال مكافحة التطرف الفكري ومن أبرزها: هيئة حقوق الإنسان، لجنة مكافحة الإرهاب بهيئة الأمم المتحدة ، المركز الدولي لمكافحة الإرهاب، معهد الأمم المتحدة لأبحاث الجريمة المنظمة والعدالة ( يونكري)،المنتدى الدولي لمكافحة الإرهاب، مركز جنيف للسياسيات الأمنية. تقديم مختلف الإستسشارات والخدمات التدريبية المتخصصة في ذات المجال لمختلف الجهات والمنظمات الحكومية بمعظم بلدان العالم العربية والإسلامية، كما أن جسور التواصل في هذا المسار ممتدة في دول أمريكا وأوروبا وشرق آسيا للاستفادة فعلياً من تجربة المركز. مركز الامير محمد بن نايف بن عبدالعزيز آل. كما أن المركز يعد ركن أساسي في صياغة مختلف الاتفاقيات المحلية والإقليمية والدولية المعنية بمجال معالجة قضايا التطرف الفكري ومكافحة الإرهاب.