وروى الطبري عن أبي محمد الحسن العسكري (عليه السلام)، أنّ سبب وفاته (عليه السلام) أنّ إبراهيم بن الوليد سمّه. فإذا كان الباقر (عليه السلام) قبض سنة ١١٤ هـ، على المشهور، فوفاته في ملك هشام ١٠٥ ـ ١٢٥ هـ، لا في ملك إبراهيم الذي ولي وقتل سنة ١٢٧ هـ، فهذا القول معارض بالمشهور، إلاّ أن نقول إن إبراهيم بن الوليد قد نفذ هذه الجريمة العظمى في زمان هشام بن عبد الملك، وبإشارة منه، وليس في زمان ملك إبراهيم. وفاه الامام علي عليه السلام ليله القدر. وذكر المسعودي أن وفاة أبي جعفر الباقر (عليه السلام) كانت أيام الوليد بن يزيد ١٢٥ هـ، ثم قال: وقد تنوزع في ذلك، فمن الناس من رأى أن وفاته كانت على أيام هشام بن عبد الملك، وذلك سنة ١١٧ هـ، ومن الناس من رأى أنه مات في أيام يزيد بن عبد الملك، وكانت أيام يزيد من سنة ١٠١ إلى ١٠٥ هـ. مقدار عمره الشريف: الرواية المشهورة في مقدار عمر الإمام الباقر (عليه السلام) هي سبع وخمسون سنة، بناءً على القول المشهور في ولادته ووفاته، وهناك أقوال أخرى تتفاوت بحسب تعدّد الأقوال المتقدمة في الولادة والوفاة، والمذكور منها ٥٥ و ٦٠ و ٥٦ و ٥٨ و ٦٣ و ٧٣ سنة. ورجّح سبط ابن الجوزي وفاته عن ثمان وخمسين سنة، لما روي عنه (عليه السلام): أنّ علياً (عليه السلام) قتل وهو ابن ثمان وخمسين، ومات لها الحسن (عليه السلام)، ومات لها الحسين (عليه السلام)، ومات لها علي بن الحسين (عليه السلام).
وفاته: توفّي القاسم(عليه السلام) بعد مرضٍ شديدٍ ألمّ به عام (192هـ) في أرض سورى عند حيّ باخمرا، حيث مرقده الطاهر ومشهده المقدّس الآن بقبّته الذهبيّة ومنائره الشاخصة وأنواره القدسيّة وكراماته الباهرة، التي شهد بها القاصي والداني حتى لهجت بتبجيله الألسن وصدحت بمدحه الحناجر، وأجلسه الناس على منبر الفخر في سويداء القلوب. وصيّته: كان من وصيّته (سلام الله عليه) لعمّه شيخ الحيّ الذي تزوّج من إحدى بناته قوله: (يا عمّ.. ((وفاة القاسم ابن الامام موسى بن جعفر عليهما السلام)) - منتدى الكفيل. إذا متُّ غسّلني وكفّني وادفنّي، وإذا صار وقتُ الحجّ حجَّ أنت وابنتك وابنتي هذه، فإذا فرغت من مناسك الحجّ اجعل طريقك على المدينة، فإذا أتيت باب المدينة أنزل ابنتي على بابها فستدرج وتمشي، وامشِ أنت وزوجتي خلفها حتّى تقف على بابٍ عالية، فتلك الدار دارنا، فتدخل البيت وليس فيه إلّا النساء وكلّهنّ أرامل). تنفيذ الوصيّة: وفي السنة الثانية من وفاة القاسم (سلام الله عليه) حجّ شيخُ الحيّ مصطحباً بنت القاسم (سلام الله عليه) معه، فكان كما قال القاسم (سلام الله عليه)، حيث طرقت ابنته الباب ففتح لها، فاجتمعت حولها الهاشميّات يسألنها عن اسمها ومن أبوها فبكت فلمّا خرجت أمّ القاسم (سلام الله عليه) ونظرت الى شمائلها جعلت تنادي: وا ولداه وا قاسماه.. والله هذه يتيمةُ القاسم.
………….. صاحَ محرابكَ يبكي يا أميـرَ المــؤمنينْ مَنْ يُصليّ اليـــوم في الفجــرِ الحَزينْ!!! هـــاهي الكـــوفةُ يعـــلــوهـا الأنينْ ********* صـــاحَ جبرائيلُ فـــي أعلى السَّمــاءْ صــــوتهُ ابكــى جميـــع الأنبيــــاءْ ضرب َالظــــالمُ اتقـــى الاتقيـــــاءْ هــــاهـــو القــــرآنُ يشكــــو للإلهْ طــــاح َركـــن الدين وانهـّــدَّ عـُلاهْ مَنْ يُنـــــادي الفجـــر هيـَّــا للصَّلاه! ********** هــــاهي الكـَــعبـةُ والبيتُ الحــَـرامْ تبكي مولـــوداً لهــــا خيــر إمــــامْ صــــاحَتْ الدنيا على الدّينِ السَّـــلامْ!!!!
فضجّ من كان حاضراً بالبكاء وفاضت دموع أمير المؤمنين عليه السلام على خدّيه، وهو يقلّب طرفه وينظر إلى أهل بيته.. هالليله ابونه امسى ابشده او جرحه الذي ابراسه مضهده والسم لعد جسمه تعده وابروحه اشوفه ايلوج وحده وبعد أن تزايد ولوج الدم في جسده الشريف, واحمرّت قدماه, وكانت شفتاه تختلجان بذكر الله تعالى, وعرض عليه الأكل والشرب فأبى, وجعل جبينه يرشح عرقاً وهو يمسحه, فقال له ولده محمّد ابن الحنفيّة: أراك تمسح جبينك؟! مجلس شهادة أمير المؤمنين الإمام عليّ بن أبي طالب عليه السلام. فقال: يا بنيّ, إنّي سمعت رسول الله صلى الله عليه وآله وسلم يقول: إنّ المؤمن إذا نزل به الموت عرق جبينه وسكن أنينُه.. ثمّ نادى أولاده كلّهم بأسمائهم, صغيراً وكبيراً واحداً بعد واحد, وجعل يودّعهم ويقول: الله خليفتي عليكم, أستودعكم الله. وهم يبكون.. أحسن الله لكم العزاء, ألا وإنّي منصرف عنكم في ليلتي هذه, ولاحق بحبيبي رسول الله صلى الله عليه وآله وسلم كما وعدني, ثمّ غُشي عليه, ولمّا أفاق قال: هذا رسول الله صلى الله عليه وآله وسلم ، وعمّي حمزة، وأخي جعفر، وأصحاب رسول الله صلى الله عليه وآله وسلم, كلّهم يقولون: عجّل قدومك علينا, فإنّا إليك مشتاقون.