ربطت الصحافة بين كلامه وبين حبس عدد من رؤساء تحرير الصحف المستقلة في مصر لنشرهم شائعات حول صحة الرئيس المصري المخلوع محمد حسني مبارك ، بينما قال الشيخ طنطاوي إنه إنما يبين حكم الله في من يرتكب معصية القذف دون استهدافه الصحافة أو غيرها. تعرض لنقد لاذع بعد مصافحته في 12 نوفمبر/تشرين الثاني 2008 الرئيس الإسرائيلي شمعون بيريز في مؤتمر حوار الأديان الذي نظمته الأمم المتحدة والسعودية في نيويورك ، وتوّج هذا النقد بمُساءلة برلمانية في مصر، وطالبه نواب الإخوان بالاعتذار، فيما طالبته شخصيات مصرية بالاستقالة من منصبه. لعب دورا بارزا في الحفاظ على الوئام بين المسلمين والأقلية المسيحية في مصر، وجمعته علاقة متميزة ببابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية شنودة الثالث. المؤلفات أثرى المكتبة الإسلامية بعدد من المؤلفات التي عالجت قضايا مختلفة، أهمهما كتاب "بنو إسرائيل في القرآن والسنة" (1969)، و"التفسير الوسيط للقرآن الكريم"، و"معاملات البنوك وأحكامها الشرعية" (1991). الوفاة توفي محمد سيد طنطاوي يوم الأربعاء 10 مارس/آذار 2010 متأثرا بأزمة قلبية مفاجئة في العاصمة السعودية الرياض. فبينما كان يستقل الطائرة فجرا في الرياض، سقط على سلمها -وفق إفادة مسؤولين مصريين- ونقل إلى مستشفى الأمير سلطان حيث أعلن الأطباء وفاته.
في عام 1980، انتقل إلى السعودية حيث عمل في المدينة المنورة كرئيس لقسم التفسير في كلية الدراسات العليا بالجامعة الإسلامية. عين مفتيًا للديار المصرية في 28 أكتوبر 1986، وكان قبلها أستاذا جامعيا وكل المفتين قبله تدرّجوا في سلك القضاء الشرعي. صدر قرار جمهوري بتوليته مشيخة الأزهر في 8 ذو القعدة سنة 1416 هـ الموافق 27 مارس عام 1996. مؤلفات الشيخ محمد طنطاوي التفسير الوسيط للقرآن الكريم ويبلغ زهاء خمسة عشر مجلدًا وأكثر من سبعة آلاف صفحة، بنو إسرائيل في القرآن والسنة ويقع في مجلدين تزيد صفحاته عن ألف صفحة، معاملات البنوك وأحكامها الشرعية ، الدعاء، السرايا الحربية في العهد النبوي وألف القصة في القرآن الكريم، آداب الحوار في الإسلام، الاجتهاد في الأحكام الشرعية، أحكام الحج والعمرة، الحكم الشرعي في أحداث الخليج، تنظيم الأسرة ورأي الدين فيه، مباحث في علوم القرآن الكريم، العقيدة والأخلاق. وألف العديد من المؤلفات ومنها الفقه الميسر، عشرون سؤالا وجوابًا، فتاوى شرعية، المنهج القرآني في بناء المجتمع، رسالة الصيام، المرأة في الإسلام بالمشاركة.
الى ذلك أكد الدكتور محمد الصاوي وكيل الازهر والقائم باعمال المشيخة أن الازهر الشريف والعالم الاسلامي فقدا عالما جليلا كان محل احترام العالم مشيرا إلى أن شيخ الازهر قد لعب دورا كبيرا في تطوير الازهر وإنشاء وتطوير معاهد كثيرة كما انه فتح الباب أمام الطلاب على مستوى العالم للدراسة في الازهر وذلك من خلال التسهيلات والاجراءات الميسرة لتوفير كل سبل الراحة لهؤلاء الطلاب المسلمين. وأضاف الصاوي أن هناك اتفاقا بين رئاسة الجمهورية ومشيخة الازهر على دفن شيخ الازهر – رحمه الله - بالبقيع مؤكدا ان هذه رغبة ابنه المستشار عمرو طنطاوي.
بقلم - مصطفي الفقي رحل عن عالمنا عام 2010 عندما فاضت روحه إثر أزمة قلبية بالمطار أثناء العودة من حضور أحد المؤتمرات في المملكة العربية السعودية، وجرى دفنه في الأراضى المقدسة، وقد كان رحمه الله من أكثر شيوخ الأزهر إثارة للجدل ومرورًا بالصراعات المختلفة التي أحاطت بظروف توليه منصب الإفتاء أولًا قبل أن يكون صاحب المقام الدينى الرفيع شيخ الجامع الأزهر.